當下制約燃料電池產業發展主要有兩大瓶頸：燃料電池組成本過高和加氫站數量少。

加氫站建設是目前迫切需要解決的問題。從世界范圍看，截至2017年底，全球運行的加氫站328座，亞洲119座，歐洲139座，北美68座。其中，日本91座，德國45座，美國40座。到2018年底，國內共建成加氫站12座并投入運營，在建的加氫站33座。這一數字距離2020年目標建成100座仍相差較大。

上海氫能利用工程技術研究中心副主任吳浩洪認為，加氫站建設在規劃、核準等政策方面缺乏頂層設計。由于行業歸類不明確，導致政府職能部門操作無依據，產業發展出現盲目跟風和無序發展等問題。

建設成本高企也是企業不愿投入加氫站的重要原因。據中國證券報記者了解，目前一座可供10輛燃料電池公交車使用的加氫站，建設費用大約為800萬元。

宇通客車公交新能源產品部一位燃料電池開發工程師告訴中國證券報記者，由于燃料電池車輛較少，加氫需求不多，投資回報周期較長，企業不愿意在加氫站方面做過多投放。而資質審批主管單位不明確、審批手續較為繁瑣也限制了加氫站建設。目前的土地資源對加氫加油、加氫加氣合建站有國家標準，但在國內還沒有實施案例。采取合建站的形式可以有效解決土地資源的問題。

清華工業開發研究院副院長朱德權認為，油氫混合站是未來的發展方向。中國的土地這么貴，一個加氫站建下來怎么受得了，所以油氣混合站是未來。目前工研院在推動此事，中石化在北京正在規劃建設一個油氣混合示范站。

目前，中石化等能源企業正在介入這一領域。《中國氫能與燃料電池年度報告2018》顯示，在國內已經建成和正在建設的加氫站中，加氫站的投建單位除了主營業務為加氫設備技術研發相關的企業外，還有8座加氫站的投建單位為傳統能源化工企業。中石化集團在加氫站建設方面正在做總體部署和安排，將利用油站網絡、安全生產管理經驗以及石化資源和制氫技術進行氫能供應。2018年10月，中石化與億華通簽訂了《戰略合作框架協議》，雙方將在氫氣供應、車輛加氫、加氫站運營等方面展開全面深入合作。

燃料電池組的成本方面，產量低直接導致了燃料電池組的單價居高不下。目前，國內車用燃料電池成本高達5000元/kW以上，整車成本遠高于動力電池汽車和燃油車。多位業內人士表示，隨著生產規模的擴大，未來燃料電池汽車成本有望和燃油車的成本相當，甚至比動力電池汽車更低。

國家發改委能源研究所助理研究員劉堅表示，電堆是燃料電池成本的主要組成部分。電堆中除鉑催化劑外，其他材料包括石墨、聚合物膜、鋼等，幾乎不存在類似于鋰、鈷、鎳等稀缺材料對鋰電池成本的剛性限制。此外，單位功率鉑用量可大幅下降，且鉑可以回收利用，將有效降低電堆成本。