未經純化的有機電解液中通常含有活潑氫的水、有機物以及少量鐵、鈉、鋁和鎳等金屬離子。雜質的含量對鋰離子電池性能將產生嚴重的影響，高純度鋰鹽、碳酸酯是鋰離子電池正常工作的保證。

有機電解液中雜質的來源主要有三個方面:a.電解質鋰鹽(如六氟磷酸鋰)的制備中不可避免地會有一定量的HF、H2O和其它金屬雜質離子。這些物質可能形成較強的化學吸附，脫除困難，難以制備出完全純凈的鋰鹽。b.常用的碳酸酯溶劑在制備過程中不可避免含有水、有機酸、醇、醛、酮、胺和酰胺等副產物、金屬離子雜質和結構相類似的酯類物質。c.鋰鹽和溶劑多具有親濕性，操作環境中的少量水分和灰塵等也可能對電解液產生污染。部分鋰熱穩定性差，容易發生分解而降低純度。

一般情況下，有機電解液中的雜質主要為痕量的水和HF等含有活潑性氫的分子和金屬離子雜質。痕量的水分能使鋰鹽(如六氟磷酸鋰)發生分解，還可能與有機溶劑反應生成相應的醇。水分的存在會在電池工作時消耗有限的鋰離子，生成對電極電化學性能的改善不利的LiOH、Li2O、HF等物質。同時反應產生的大量氣體也會增大電池內壓，帶來不安全因素。隨著有機電解液中水含量的增高，鋰離子電池的充放電、循環效率等性能將明顯下降。當水分含量超過0.1%時，鋰離子電池已基本無法使用。有機電解液中HF的含量對鋰離子電池性能同樣有著重要的影響，而HF在六氟磷酸鋰生產過程中又很難脫除干凈。HF的存在除能加速六氟磷酸鋰的分解和有機溶劑的聚合外，首次充放電過程中還會在炭負極上發生還原反應生成LiF，增大電極界面電阻，降低鈍化膜的可逆性、電池的比容量和循環效率等。而其它含活潑性氫的醇、胺等有機分子，同樣會消耗電解液，影響電池的性能。例如，莊全超等研究有機電解液中甲醇雜質對石墨電極性能的影響發現，當有機電解液中的甲醇含量超過0.5%時，石墨電極的充放電循環可逆性將遭到完全破壞;金屬雜質離子在充電過程中，將首先沉積在炭負極表面，影響電解的導鋰性能。

顯然，有機電解液在配置過程中必須選擇潔凈、干燥(水分小于10×10負6)的環境(如實驗室常用的手套箱)中進行。同時，應盡可能采取切實可行的方法消除鋰鹽、有機試劑中的雜質，緩慢配置電解液，避免鋰鹽溶解過程中放熱而導致熱分解反應。電解液在使用之前，應該采取科學的方法進行檢測，以確保電解液滿足鋰離子電池工作的需要。

有機電解液中最常見的雜質是水分，實驗室中水分含量的降低可以先通過蒸餾的方法除去大部分水分，然后再加入活化好的0.4nm或0.5nm分子篩密閉保存。這種方法除能降低水分之外，還能吸收部分小分子溶劑，有利于電解液純度的提高。但需要注意的是，由于分子篩具有離子交換功能，如果將普通的鈉型分子篩長期置于電解液中，可能會在有機電解液中引入鈉離子，影響電池性能。因此，在使用分子篩脫除雜質這一過程中，最好選用鋰化分子篩。鋰化分子篩可通過1mol/LLiC1O4/乙醇或1mol/LLiF/乙醇溶液與普通0.4nm或0.5nm分子篩離子交換而成。